В указанном случае (при наличии родового термина ЗАО) уместно согласование по среднему роду.
См. также: http://new.gramota.ru//spravka/letters/60-rubric-91
Да, это название склоняется: церковь в Кижах.
Запятые нужны: Один из них, Андрей Ковальчук, работает здесь, в Кижах.
Вместе с тем запятыми не выделяется (в первом и третьем примерах после вместе с тем запятая не нужна).
Верно: Ну и конечно, гора Олимп, самая высокая в Греции.