Видимо, это сочетание можно оформить как название маршрута, без кавычек.
Предпочтительная форма сказуемого: присутствовала.
Корректно: Большая кольцевая линия.
Лучше использовать форму единственного числа сказуемого: происходит.
Если это две линии, то верно: линии А и Б.
Да, правильно: над Жуковским.
Лилия, Лилии, Лилии, Лилию, Лилией, о Лилии.