Верно: в бухте Средней. Подробнее см. в "Письмовнике".
Лучше всего посмотреть на карте.
Приведенный Вами вариант пунктуационного оформления корректен.
Корректно: С появлением снега обычные ориентиры в тундре исчезли (скажем, находящаяся слева от моего жилища гора слилась с окружающей белой тундрой), но появились новые: кустик сухой травы на высокой болотной кочке, крутой берег реки, прутик ивы, — и бесконечные просторы тундры стали еще разнообразнее.
Правильно: озеро Горных Духов (если таково действительное, «официальное» наименование озера, а не его образное название).