Все названия должностей здесь пишутся с маленькой буквы. Поскольку это начало абзаца, с большой буквы следует писать только первое слово: Главный инженер — первый заместитель генерального директора.

Вся должность пишется строчными буквами, прописные не используются.

Верная пунктуация: Иван Пупкин, главный тренер футбольной команды, дал интервью. Главный тренер команды "Спартак" Иван Пупкин дал интервью.

Это предложение разговорного стиля. Для таких конструкций правила пунктуации еще не сложились. Однако в данном случае можно рассуждать так. Оборот этот мальчик относится к подлежащему он, что дает основания считать его определением. Определения, которые оторваны от определяемого слова другими членами предложения (находятся в дистантной позиции), обособляются запятыми. Также возможна постановка интонационного тире.   

Правильно: и. о. главного инженера.

Предложение неудачно. Необходимо его перестроить.