К сожалению, школьный учебник, ставя перед собой задачу изложить правило кратко и однозначно, терпит неудачу, потому что в настоящем (а не школьном) русском языке однозначность здесь невозможна.
На самом деле логика в правиле есть, и она очень простая. В научных трудах по современной русской орфографии сейчас говорится так: не с качественными прилагательными и производными наречиями в позиции сказуемого пишется слитно или раздельно в зависимости от намерений автора выразить утверждение (слитное написание) или отрицание признака (раздельное написание).
Правильным будет написание девочка не красивая, девочка не красива, если можно подставить слова, подчеркивающие отрицание: девочка (отнюдь) не красивая, девочка (отнюдь) не красива. Например, если автор возражает кому-то, кто утверждает, что девочка красивая, он тем самым делает акцент на отрицании и пишет раздельно.
Правильным будет написание девочка некрасивая, девочка некрасива, если можно подставить слова, подчеркивающие утверждение: девочка (очень) некрасивая, девочка (весьма) некрасива. Если автор хочет подчеркнуть эту особенность внешности девочки, он напишет слитно.
Таким образом, окончательное решение о слитном и раздельном написании на самом деле принимает пишущий, который должен отдавать себе отчет в том, что́ он хочет выразить: отрицание признака — и тогда написать не отдельно от следующего слова или утверждение признака — и тогда написать не слитно. Это решение может быть принято только в условиях контекста.
С точки зрения грамматики различий нет: в обоих случаях перед нами бессоюзное сложное предложение. Знак препинания в таких предложениях отражает устанавливаемые автором смысловые отношения частей и связанную с этим интонацию. При установлении смысловых отношений автор должен учитывать содержание частей. Так, в приведенном примере запятая неудачна, потому что между частями затруднительно установить отношения перечисления: во второй части содержится несобственно-прямая речь, которая конкретизирует сочетание показались своенравием из первой части. В этом случае наиболее уместно двоеточие.
Если вводное слово очевидно относится только к первому предложению (дождь кончился), то запятая нужна, если к обоим предложениям (дождь кончился и крыша высохла), то не нужна. Решение принимает автор текста.
Несмотря на то что — составной подчинительный союз. Если придаточная часть предшествует главной, он обычно не расчленяется, то есть запятая перед что не требуется, но она может быть поставлена, если автор намерен сделать акцент на слове то. В приведенном предложении знаки препинания расставлены верно.
Отправная точка Вашего рассуждения — утверждение, будто словосочетание сердце погоста является неделимым. Но здесь неизбежно возникает вопрос: на каком основании делается это утверждение? Кижский погост, как и Преображенская церковь, — цельные собственные наименования, они действительно являются синтаксически неделимыми словосочетаниями. Сердце погоста таким наименованием не является. А если бы было сказано Центром Кижского погоста...; Жемчужиной Кижского погоста... — Вы тоже сочли бы словосочетания центр погоста, жемчужина погоста неделимыми? Для этого нет никаких оснований. Тот факт, что существительное сердце употреблено в переносном значении, отнюдь не является основанием для того, чтобы считать словосочетание неделимым.
Таким образом, Ваша претензия к сборнику безосновательна, относительно сказуемого в данном предложении в нем всё сказано верно.
Словари определяют значение глагола крякать применительно к человеку следующим образом: «Издавать отрывистый горловой звук, выражающий удовольствие, удовлетворение, досаду и т. п.» (Большой академический словарь русского языка. Т. 8. СПб.; М., 2007. С. 728).
Слово женщин употреблено в обобщенно-собирательном значении. Вводное слово похоже указывает на то, что автор высказывания не уверен полностью в его достоверности, но считает его содержание весьма вероятным.
Полагаем, что такой игры не существует. Автор выдумал ее, противопоставляя опасной игре в кошки-мышки, упоминавшейся в начале текста, чтобы подчеркнуть счастливый конец сказки.
Использование слова благодарности (во множественном числе) — принятый и самый частый в современной практике вариант оформления названия раздела. Форма отражает множественность отдельных актов признательности, адресованных разным людям или организациям.
В Национальном корпусе русского языка есть один пример употребления глагола выбороть: Но как зайцу без труси, так и человеку без «так полагается» (а это ведь «закон»!) не выбороть жизни. [А. М. Ремизов. Кукха. Розановы письма (1923)]. Впрочем, возможно, автор рассматриваемой книги это слово придумал как окказионализм, смысл которого, точно так же как и всей фразы, более чем ясен. Уместность окказионализма нужно оценивать с учетом стилевой принадлежности и общей тональности текста. Так, в публицистическом тексте окказионализм будет вполне уместен, в официально-деловом тексте — едва ли.