В данном предложении запятая воспринимается, как знак, разделяющий однородные члены. Но вероятно, предполагается иной смысл: проходить сквозь стены только через двери. В этом случае запятую ставить не нужно или можно поставить тире, которое будет подчеркивать значение стоящего после него компонента, добавлять экспрессию: Прохожу сквозь стены через двери или Прохожу сквозь стены — через двери. Возможен и такой вариант: Прохожу сквозь стены. Через двери.
Запятая нужна, если необходимо интонационно выделить вводное предложение. При отсутствии паузы после союза запятую ставить не нужно.
Запятая перед и не требуется.
Обособление не нужно.
Обособлять оборот как награду не нужно: союз как здесь можно заменить на в качестве (принимая в качестве награды).
Второе не не нужно, иначе смысл предложения будет очень странным.
Повторять предлог не нужно.
Для конструкций типа брат с сестрой допускается постановка сказуемого как в форме множественного, так и в форме единственного числа. Форма множественного числа сказуемого показывает, что действие, обозначаемое сказуемым, в равной мере приписывается всем действующим лицам. Форма единственного числа сказуемого показывает, что обозначаемое сказуемым действие приписывается первому из названных действующих лиц. Однако на наш взгляд в данном случае лучше выбрать форму множественного числа, так как действующих лиц много. В этом случае и обособление оборота вместе с двумя иноками Варлаамом Яцким и Мисаилом Повадиным не нужно.
Такой знак выделять полужирным не нужно: знаки препинания на стыке выделенного текста с невыделенным внутри фразы не выделяют, если они относятся в равной степени и к выделенному, и к невыделенному предшествующему и последующему тексту.
Подобные ситуации, к сожалению, не описаны в правилах. Здесь конфликтует два правила — об обособлении определения, относящегося к личному местоимению (такие определения обособляются), и о необособлении приложений с союзом как со значением тождества, приравнивания. Мы рекомендуем запятые ставить, так как определение при личном местоимении всегда приобретает дополнительное обстоятельственное значение, что является еще одним условием обособления.
