С красной строки - с абзаца; со строки, имеющей небольшой отступ вправо. Слово красный в этом фразеологизме имеет значение  «красивый, раскрашенный яркими, преимущественно красными красками».  В древних рукописях основной текст писали обычно чернилами, а начальные буквы каждого абзаца украшали цветными рисунками, иногда золотили.

...С красной строки...

...С красной строки - с абзаца; со строки, имеющей...

В СУЩНОСТИ (ГОВОРЯ), вводное слово Подробно о пунктуации при вводных словах и сочетаниях см. в Прил. 2. Какие красивые деревья и, в сущности, какая должна быть около них красивая жизнь! А. Чехов, Три сестры. И вдруг мне мелькнула мысль, ведь, в сущности, ты не могла успеть бы прислать мне ответное письмо... Э. Радзинский, Старая актриса на роль жены Достоевского. В сущности говоря, художник никогда не должен расставаться с ...

...В сущности (говоря)...

...В СУЩНОСТИ (ГОВОРЯ), вводное слово Подробно...