Верно: согласно протоколу.
Правильно: протоколы.
Форма именительного падежа мн. числа – протоколы.
Форма именительного падежа множественного числа - протоколы.
Верно: согласно протоколу, согласно письму.
Корректно: Поддерживается версия протоколов 1 и 2.
В текстах официально-делового стиля корректно: присвоить следующим документам: протокол, акт, график...