Первоначальная основа: приоритет. Усекается ет, остается приорит + глагольный морф изирова + ть = приоритизировать. От этого глагола образовано существительное приоритизация.
Это сочетание лексически избыточно, слово главный здесь лишнее.
Для точного ответа нужно знать все предложение. Скорее всего, нужно использовать частицу не.
Корректно: ...будут приоритетными, будут иметь приоритет.
Корректная пунктуация: Можем ли мы изменить указанный вами приоритет заявки с [Crash, High] на [Medium, Low] в связи с тем, что, согласно описанию приоритетов в договоре о технической поддержке, данная заявка относится к более низкому приоритету? Концовку предложения лучше заменить на ...у данной заявки более низкий приоритет.