Возможны варианты в зависимости от смысла: устранены замечания к программе (замечания, которые были сделаны к работе программы) и устранены замечания программы (замечания, которые сделала программа).
Корректный вариант: обучающийся по образовательной программе.
В значении "после окончания" верно: по окончании.
Правильно: во исполнение программы сделать что-либо (=сделать для исполнения). Но: в исполнение программы верится с трудом.
Возможны оба варианта. Выбор формы множественного числа объясняется логически, а форму единственного числа используют для указания на общность объектов (в этом случае часто в предложении употребляются и обобщающие слова).
Выбор варианта зависит от смысла. Если имеются в виду выпускники программы, то верен первый вариант. Если подготовка по программе, то второй.
Нужно склонять обе части сложного слова: программа семинара-совещания.
Нет оснований писать слово рамочный, европейские с большой буквы.