Если изменение одно, то верен первый вариант; если изменений больше чем одно, верен второй вариант.
Предпочтительно: требует их перерегистрации и внесения изменений.
Правильно именно об отказе (в чем?) во внесении изменений.
Используйте первый вариант.
Правильно: О внесении изменений в штатное расписание, утвержденное приказом....
Справочники по редакционно-техническому оформлению текстов рекомендуют не оставлять "висячий" предлог перед перечнем. Предлог можно переместить в состав первого элемента перечня:
Рассмотрение дел:
- о внесении изменений...
- включении в ...
- установлении отцовства
- утверждении...
В данном предложении запятые не нужны.