Действия с документом могут быть различными. Можно дописать документ, закончить оформление документа, завершить работу по подготовке документа.
Предложение составлено неверно. Неясно, к чему относятся слова по следующему делу. Вот возможный вариант начала предложения: В деле отсутствуют документы (не подшиты и не вложены в дело, не представлены проверяющим), подтверждающие направление сообщения в военкомат о вступившем в законную силу приказе...
Оба варианта корректны.
Если контекст не предполагает противопоставления, то следует писать слитно.
Корректно: Такого документа не существует.
Правильный вариант: В портфолио содержатся документы.