Верно с двоеточием: Она не понимала: как так?

Обратите внимание: разные орфоэпические рекомендации даны к разным значениям слова знамение. Для слова знамение в значении ‘символ’, реализующемся, в частности, в сочетании крестное знамение, в качестве правильного указано только ударение на а. Для слова знамение в значении ‘характерный признак’, ‘предзнаменование’ (знамение времени, доброе знамение) в качестве основного указано то же самое ударение, но при этом допустимым признается ударение на е. Следует заметить, что составители словаря пошли здесь на определенные уступки узусу: в других нормативных словарях правильным считается ударение на а независимо от значения слова знамение.

На районе и в адрес (в указанном Вами контексте) — просторечные формы, их, действительно, лучше не использовать. Главными аргументами в борьбе за грамотность по-прежнему остаются словари.

Во фразе Объясните почему запятая не нужна, так как придаточное предложение, состоящее из одного союза или союзного слова, запятой не отделяется. Вариант с указательным словом то грамматически некорректен, его лучше не употреблять.

Слово кофе пришло к нам во времена Петра I вместе с самим напитком. Как это часто бывает с новыми словами, у него было поначалу несколько вариантов написания и произношения, и со временем наиболее употребительными стали формы кофий и кофей, возникшие под влиянием слова чай (выпить кофея как выпить чая). Эти формы, разумеется, были мужского рода (кстати, в русском языке и сейчас есть слово кофеёк мужского рода). Под их влиянием и слово кофе приобрело мужской род.

Другое дело, что в отличие от слов кофий и кофей существительное кофе несклоняемое. Вы правы: несклоняемые неодушевленные существительные иноязычного происхождения, оканчивающиеся на гласную, в русском языке в подавляющем большинстве случаев относятся к среднему роду, исключения единичны. Поэтому кофе и стремится стать существительным среднего рода. И это нормальный языковой процесс, в истории русского языка есть много примеров того, как слова меняли родовую принадлежность, достаточно назвать хотя бы слово метро, которое было мужского рода (под влиянием существительного метрополитен), а стало среднего.

Но слову кофе «не повезло»: оно попало в тот небольшой список слов (кофе, договор, звонит...), к которым приковано общественное внимание и изменение нормы в которых воспринимается носителями русского языка как признак его «деградации», «порчи» и т. д. Такое негативное отношение образованных носителей языка к этому варианту влияет на его кодификацию: варианты черный кофе и черное кофе пока не признаются равноправными. В словарях мужской род слова кофе дан как строгая литературная норма, а средний род – как допустимое разговорное употребление.