См. ответ на вопрос № 282774.
Корректно: заведующего (чем?) Изобильненским филиалом.
Правильно: заместитель заведующего МБОУ «Детский сад № 100».
Правильно: работает в должности заведующего терапевтическим отделением. Слово заведующий управляет творительным падежом.
Возможны оба варианта, но лучше: заведующей (если далее следует имя и фамилия заведующей).
Заместитель заведующего дневным отделением.
Заведующая. Но допустимо в некоторых текстах и заведующий.
Правильно: заместитель заведующего муниципальным автономным дошкольным образовательным учреждением по учебно-воспитательной работе.