Правильно форма указана в орфографическом словаре: дёрена. Такая же форма дана в «Грамматическом словаре» А. А. Зализняка. Мы сообщим редактору «Большого толкового словаря» о найденной Вами неточности. Спасибо! 

Географические названия в сочетании со словом провинция обычно не склоняются: в провинции Малага, в провинции Квебек.

Верная пунктуация: Однако спустя некоторое время появилось новое пожелание Заказчика внести изменение в структуру кварталов, связанное с пожеланием отказаться от двух подземных уровней и выполнить парковку в виде частично надземного стилобата. Для постановки запятой после время нет оснований, так как спустя некоторое время — это не деепричастный оборот. Запятая после слова кварталов отделяет последующий причастный оборот.