Предложение без ли корректно. Это ли нужно убрать.
Слитное написание корректно.
В данном случае возможен и вариант с запятой, и с тире. Если по контексту уже ясно, что героя, которому принадлежит реплика, зовут Андрей, то лучше поставить запятую. Если это еще неизвестно, то лучше поставить тире (так читатель не подумает, что Андрей — это обращение).
Предпочтительно: Ну это еще неизвестно.
Однако при определенной интонации возможно и раздельное написание.
Ошибки нет. Глава в значении 'руководитель' может употребляться как существительное и мужского, и женского рода. Поскольку неизвестен пол будущего главы администрации, выбирается мужской род (т. к. женский будет однозначно указывать на то, что глава администрации будет женщиной).
Например так: Сейчас еще неизвестно, какие вопросы будут вынесены и в каком количестве.
