Да, запятая нужна, так как нужно закрыть придаточное предложение.
Ваш вопрос слишком объемный, чтобы ответить на него в режиме «Справочного бюро». Пожалуйста, воспользуйтесь справочниками (например, Д. Э. Розенталя или В. В. Лопатина).
Это слово само по себе не связано с постановкой запятых.
Слова таким образом выступают в роли вводных и обособляются в знач. «следовательно», «итак». Обособление не требуется, если слова таким образом можно заменить на «так», «таким способом». Подробнее см. в «Справочнике по пунктуации».
Мы упомянули только об одном случае потому, что он имеет отношение к приведённому Вами в вопросе примеру. Если говорить о русской пунктуации в целом, то, действительно, постановка запятой после слова однако в начале предложения может быть обусловлена более чем одной причиной. Спасибо за уточнение!
См. главы «Учебника ГРАМОТЫ»: Знаки препинания в предложениях с однородными членами и Обособление согласованных определений.
