В приведенном отрывке запятые не нужны.
Верен второй вариант: о ежегодной.
Запятая не нужна.
Последний вариант лучше остальных.
Запятая между однородными дополнениями, зависимыми от глагола добывают, не нужна: Приморские компании ежегодно добывают шестую часть всего вылова страны и четверть – Дальневосточного бассейна.
Правильно: более 6,2 миллиона.
Запятая между частями сложносочиненного предложения ставится.