Слово коронавирус образовалось не в русском языке, оно было заимствовано. Гласная а на конце первой части этого слова была унаследована от языка-источника. Такова судьба некоторых других заимствованных слов, например: вибрафон, гексаген, дельтаплан, ротавирус.

См. ответ на вопрос № 304975.

В орфографии принят более этимологический подход к членению слова на морфемы, опирающийся на языковую интуицию. Носители языка часто чувствуют родство слов, отнесение которых к однокоренным с точки зрения современных смысловых, структурных, словообразовательных связей сомнительно. Слова, в которых членение слова на морфемы - дискуссионный вопрос, не должны служить материалом для проверки знаний в формате ОГЭ и ЕГЭ. Составители КИМ стремятся такие проблемные слова в реальных экзаменационных заданиях не давать.

В слове наказание вторую а можно проверить словом наказанный.