Ответы справочной службы
Запятые нужны: Он подал, что было велено, и уже собрался было уйти, но...
На наш взгляд, пояснение от редакции следует заключить в обычные скобки, например:
— Вы в школе больше любили труд или физкультуру?
(Иван Иванович отказался отвечать на этот вопрос.)
Что Вас смущает в этом предложении?