Запятая не нужна.
Словарной рекомендации нет, но, как правило, если обе части составного существительного склоняются, то род всего сложносоставного существительного определяется по роду первого слова: подписанный план-задание.
Если договор подписал генеральный директор, то верно: договор, подписанный генеральным директором.
Указанная запятая нужна.
Верно: согласно протоколу.
Форма мн. ч. – договоры.