Корректно: лишние 1000 (тысяча) рублей и лишняя тысяча рублей. Обратите внимание, что при согласовании по форме ед. ч. ж. р. слово тысяча не следует писать цифрами.
Предпочтительно: получить банкноты номиналом 50, 100 и 500 рублей.
Правильно: стоят.
Так писать не следует по той причине, что произнести эту фразу грамотно невозможно.
Как правило, используются прописные буквы.
После слова итого можно поставить тире, можно не ставить никакого знака.
Возможны оба варианта.
Возможны оба варианта, нужно руководствоваться контекстом.