Выражение на ять (сделать что-либо) означает «сделать на отлично», его происхождение связано с тем, что раньше самой большой трудностью для изучавших русский язык было научиться правильно писать буквы Е и «ять» (когда-то эта буква обозначала особый звук, но позже этот звук совпал с Е, а буква «ять» оставалась на письме, и бедным ученикам приходилось учить наизусть все слова, где был «ять»).  О том, кто легко справлялся с этой премудростью, говорили, что он все делает «на ять». А сегодня это выражение перекликается с оборотом «сделать на пять», т. е. на пятерку.

Сегодня варианты равноправны: неумеха и неумёха.

Страдательные причастия прошедшего времени и отглагольные прилагательные оканчиваются на −енный (−еный) во всех случаях, кроме тех, когда соответствующий глагол в инфинитиве (неопределенной форме) оканчивается на −ать (−ять). Сравним: закаченный (от закатить) — закачанный (от закачать). Утраченный образовано от глагола утратить, это глагол не на −ать (−ять).

Вспомните об исключениях: гнать, держать, дышать, зависеть... Все приставочные образования от этих глаголов тоже являются исключениями. Держать входит в число исключений, в  личных окончаниях пишется И (держит), поэтому тот же гласный пишется и в личных окончаниях глагола содержать.

Глагол бдить словарями литературного языка не фиксируется. В речи он появился, вероятно, под воздействием прилагательного бдительный, которое произошло от форм глагола бдеть – бдит, бдишь. Этимологически мотивировано написание бдеть, древняя форма этого глагола писалась с буквой ять: бъдѣти. 

Это произошло в 1917-18 годах в ходе реформы русской азбуки и орфографии (были исключены буквы i, "фита" и "ять", отменено употребление ъ в конце слов и частей сложных слов, был внесен и ряд других изменений). Реформа была проведена ввиду очевидной необходимости упрощения русского правописания, и подготовка к ней началась еще в 1904 году, когда в Академии наук была создана Орфографическая подкомиссия под председательством Ф. Ф. Фортунатова. Проект изменений был готов в 1912 году, однако он не был принят, и новая русская орфография была введена только в 1917-18 годах, причем некоторые пункты проекта 1912 года были изъяты и не вошли в новые правила.

Нет, эти слова не являются родственными, они восходят в конечном итоге к двум разным древним индоевропейским основам.

Вождь пришло в русский язык из старославянского, где оно восходит к праславянскому корню *ved – отсюда же и глагол вести (вождь – тот, кто ведет за собой). Этот корень, в свою очередь, восходит к праиндоевропейской основе, поэтому наше слово вести  родственно словам других индоевропейских языков, например, латышскому vest, древнепрусскому west с тем же значением ('вести').

Слова вожделенный, вожделение, вожделеть также пришли из старославянского языка, но восходят к другой основе. Вожделеть образовано с помощью приставки въз- от желети (во втором слоге был «ять») 'желать'. А слова желети, желати восходят к праиндоевропейской основе со значением 'желать, хотеть' и также имеют соответствия в других индоевропейских языках.