Все названные варианты не вполне удачны. Каков смысл сочетания? Может быть, следует заменить его на путеводитель по карьере?
Название этой компании надо склонять. Работает в Яндекс – это как живет в Москва.
Правильно с кавычками: поисковая система "Яндекс".
Если "Фармапоиск" - это собственное название навигатора, то нужно заключить это слово в кавычки.
В строгой литературной речи предпочтительнее использовать первый вариант: по данным портала (сервиса) «Яндекс.Пробки». Второй вариант является новым, поэтому его употребление еще не устоялось. В разговорной речи допустимо сочетание по данным «Яндекс.Пробок».
Употребление пока не устоялось, можно найти доводы в пользу обоих вариантов.
Как название проекта - в кавычках: «Яндекс.Метрика».
Если это название употребляется без родового слова (например, сервис), то обычно склоняется только вторая часть (деньги).