Такое словосочетание может быть образовано. Например, имеется в виду, что ядер несколько, но только одно расположено в центре.
Не хватает тире перед это.
Орфографическим правилам соответствует написание партядро.
Названные Вами сочетания возможны.
Большой толковый словарь
Правильно строчными: земное ядро, марсианская атмосфера.
Верно: тома книг.
Имя То́ма должно склоняться. Все фамилии, оканчивающиеся на неударное а после согласных, склоняются по первому склонению: Рибера — Риберы, Рибере, Риберу, Риберой, Сенека — Сенеки и т. д.; так же склоняются Кафка, Спиноза, Сметана, Петрарка, Куросава, Глинка, Дейнека, Гулыга, Олеша, Нагнибеда, Окуджава и др. Все такие фамилии, независимо от происхождения, являются морфологически членимыми в русском языке, т. е. в них выделяется окончание -а.
Вы имеете в виду такие существительные, для которых грамматическая категория рода сохраняет свое семантическое значение?
Корректно: Маленькая, плотная положительно заряженная структура в центре атома.