Подобные случаи не описаны в справочниках по пунктуации, но очевидно, что здесь между сочетаниями типа на 5 % и до 100 шт. пояснительные отношения, а это предполагает постановку запятой либо тире.
В результате утраты редуцированных возникли группы согласных, которые были непривычны для носителей языка, и поэтому в говорах получали произносительные варианты. К таким сочетаниям относятся группы согласных чт и чн, для которых в московском говоре установилось произношение [шт] и [шн] ([ш]то, [ш]тобы, коне[ш]но, було[ш]ная, кори[ш]невый и т. п.), тогда как носители традиционного петербургского произношения, сложившегося значительно позднее, стали придерживаться произношения, опирающегося на буквенный состав слова ([ч’]то, [ч’]тобы, коне[ч’н]о , було[ч’]ная, кори[ч’]невый и т. п.).
Некоторые из старомосковских и старопетербургских вариантов совпадают с современной орфоэпической нормой, другие помечены в словарях как нерекомендуемые или устаревшие. Например, «Большой орфоэпический словарь русского языка» М. Л. Каленчук, Л. Л. Касаткина, Р. Ф. Касаткиной рекомендует говорить [ш]то, [ш]тобы и коне[шн]о. Для слов булочная и пустячный в словаре приводятся два равноправных варианта произношения — с [ч’н] и с [шн]. В случае со словом коричневый словарь, наоборот, не рекомендует вариант кори[шн]евый, а произношение моло[шн]ый помечает как допустимое, но устарелое.
Если 5 мл — это характеристика флакона (его объем), то нужно изменить порядок слов, поставив сочетание 5 мл непосредственно после существительного флакон (это позиция несогласованного определения). Указание на количество предметов уместно отделить тире: Флакон 5 мл — 5 шт.
Правильно: пять (шесть и т. п.) кочерёг.
Словарь трудностей русского языка
кочерга, -и; мн. кочерги, -рёг, -ргам
Знаки препинания в примерах расставлены верно.
В случае если последнее слово предложения в ячейке таблицы заканчивается сокращением с точкой, ее следует сохранять.
Корректно: в наличии 3000 штук.
Из этих двух вариантов следует выбрать первый.
Написание сокращения шт. с точкой зафиксировано в «Русском орфографическом словаре» РАН, оно соответствует общим правилам сокращения слов. Рекомендации орфографических словарей относительно сокращения слов иногда (правда, редко) противоречат требованиям ГОСТов и других официальных документов. См., например, ответ на вопрос № 284885.
Можно использовать скобки или указать единицы измерения через запятую.