Лучше так: программа 5-го и 6-го классов.
Корректно: окончили.
Без литеры чаще пишут словами; с литерой, на наш взгляд, лучше писать цифрой.
Лучше: ученицы 2 класса.
Верен первый вариант.
Мы уже отвечали на этот вопрос. См. 295224
В доступных нам справочниках рекомендаций нет. Предпочтительно: 5 «А» класс.