Да, запятые нужны. В соответствии с правилами пунктуации определения являются однородными в том числе в случаях, если „представляют собой художественные определения: Одни кузнечики дружно трещат, и утомителен… этот непрестанный, кислый и сухой звук (Т.); Его бледно-голубые, стеклянные глаза разбегались (Т.); Старуха закрыла свинцовые, погасшие глаза (М. Г.); то же при употреблении определения-прилагательного в переносном значении: круглые, рыбьи глаза мальчика; тонкие, журавлиные ноги“. В приведенном Вами контексте определения темная и беспощадная объединены общим признаком 'производящие впечатление чего-то неприятного, пугающего'.

Орфографический словарь устанавливает написание этого именования так: Ба́ба-яга́, Ба́бы-яги́ (сказочный персонаж) и ба́ба-яга́, ба́бы-яги́ (безобразная злая старуха).

Обстоятельство в числе прочих может быть обособлено для смыслового выделения или для попутного пояснения. 

В справочнике говорится об отсутствии отбивки запятой (точки) от предшествующего слова и необходимости отбивки тире от последующего. О позиции между знаками не говорится. В примере в издании 2014 года между запятой и тире пробела нет, но в самом тексте книги запятая от последующего тире последовательно отбивается, см., например, раздел, посвященный оформлению цитат (с. 180—181). Отбивка есть и в Полном академическом справочнике под ред. В. В. Лопатина, и в руководствах по пунктуации Д. Э. Розенталя.

У местоимения его род не определяется.

Между двоеточием и тире, запятой и тире пробел обязателен.

В обоих случаях запятая не нужна.

1. Если деепричастие имеет в качестве зависимого слова союзное слово который в составе определительной придаточной части сложноподчиненного предложения, запятая после который не ставится. Ср.: Направо была дверь, пройдя которую можно было попасть в коридор, ведущий на сцену.

2. В полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина дается такая рекомендация. В начале предложения не разделяются запятой сочинительный и подчинительный союзы, а также подчинительный союз и союзное слово, напр.: Денис помер. И когда я уезжал, старуха его вынесла мне гуся... Потому что где же они теперь могут встретиться?

Общее правило таково. В сложносочиненном предложении перед союзами и, да (в значении и), или, либо запятая не ставится, если части предложения объединены каким-либо общим элементом. В некоторых случаях общим элементом может быть частица (ограничительная, усилительная, выделительная).

В данном случае общим элементом является частица только, поэтому запятая не стоит.

Знаки внутри предложения расставлены правильно.

Согласно официально действующим сейчас «Правилам русской орфографии и пунктуации» 1956 года, между определяемым словом и стоящим перед ним однословным приложением, которое может быть приравнено по значению к прилагательному, дефис не пишется: красавица зима (=красивая зима), старик отец (=старый отец), бедняк сапожник (=бедный сапожник). Такое написание предлагается и в справочниках Д. Э. Розенталя, которые полностью опираются на действующие правила. Этим правилом, очевидно, руководствовались редакторы и корректоры, готовившие издания Ф. М. Достоевского.

Однако теперь рекомендации лингвистов изменились. В «Русском орфографическом словаре» РАН (4-е изд., М., 2012) и полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» (М., 2006), которые подготовлены сотрудниками Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН, предлагается дефисное написание подобных сочетаний: старик-отец, красавица-дочка. Такое написание, хотя и вступает в противоречие с действующими правилами, тем не менее соответствует современной практике письма и более последовательно и логично отражает применение дефиса при написании сочетаний существительных.

Таким образом, сейчас предпочтительно дефисное написание. Но раздельное написание не ошибка (формально оно соответствует правилам).