В Вашем предложении запятые нужны, причастный оборот нужно обособить.
В этом предложении не нужны запятые.
Корректная пунктуация: В связи с этим, ввиду отсутствия Положения о Почетной грамоте и Благодарственном письме администрации Тюменского муниципального района, утвержденного постановлением главы Тюменского муниципального района, на официальном сайте администрации Тюменского муниципального района, необходимо предоставить в срок не позднее 05.04.2013 в прокуратуру района копию Положения о Почетной грамоте и Благодарственном письме администрации Тюменского муниципального района, утвержденного постановлением главы Тюменского муниципального района.
Первая запятая уместна: обстоятельственные обороты «в случае + существительное» могут выделяться знаками препинания. Вторая запятая не нужна, т. к. оборот не позднее чем не содержит сравнения.