Верно: пуэрто-риканский (см. пункт 1 параграфа 129 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина).
В данном случае различаются семантическая мотивация (производное от наименования жителя) и словообразовательная (производное от названия страны). Корректно дефисное написание прилагательного.
Правильно: пуэрто-риканский гражданин, но: пуэрториканец.