В первом примере речь идет о трех системах: 1) горячего водоснабжения, 2) холодного водоснабжения и 3) водоотведения. Всё, что сказано об их обследовании, относится ко всем трем системам, причем варианта, при котором какой-либо одной из систем нет или ее обследование почему-либо не проводится, не предусмотрено.
Во втором случае — именно благодаря наличию варианта, вводимого союзом или, — такой вариант предусмотрен. При использовании этого двойного союза (и/или — он часто используется и в таком оформлении) одним предложением сообщаются сразу два положения дел: 1) первое — такое же, как и в первом примере, 2) второе же выглядит так: может проводиться обследование какой-либо одной из трех систем. Представить себе это трудно, но таков пример.
Более простой пример:
Меня обещали навестить друзья: Маша, Сережа и (или) Петя.
Варианты ситуации, обозначаемые этим предложением:
а) меня навещают Маша, Сережа и Петя;
б) меня навещают Маша и Сережа;
в) меня навещают Маша и Петя.
Является ли название вещества поясняющим приложением, зависит от контекста. Если речь идет о том, что на заводе предусмотрен синтез вспомогательных веществ, входящих в препарат, то есть противопоставлены вспомогательные вещества и активное вещество, то название активного вещества нужно каким-то образом выделить, например: На заводе не предусмотрен синтез активного вещества — ибупрофена; На заводе не предусмотрен синтез активного вещества (ибупрофена). Если в контексте сопоставляются разные активные вещества, название одного из них не будет поясняющим, например: На заводе не предусмотрен синтез активного вещества ибупрофена, а синтез других активных веществ — предусмотрен.
Правилами русской пунктуации не предусмотрен такой вариант оформления прямой речи.
Вы оформили предложение корректно: Комментарий клиента «2.4 сроки выполнения работ не соблюдены» является обоснованием и предусмотрен в расчёте показателей.
Верно: стоп-линии.
Верно: предусмотрено несколько практичных карманов.
Никакие знаки препинания (кроме вопросительного знака в конце) в этом предложении не нужны. Запятую перед союзом и не нужно ставить, поскольку две части сложносочиненного предложения объединены вопросительной интонацией.
При этом – союз, обособлять его не нужно.
Здесь корректно: предусмотрено. Или лучше: предназначено.
См. в «Письмовнике».