Корректно: Потому что, если он будет продолжать делать то, что Господу уже не нужно, это невозможно считать служением Ему.
Запятая не нужна.
В приведенном Вами примере действует общее правило о постановке запятой на стыке союзов: запятая ставится, если подчинительный союз не имеет в главной части предложения слова то. Ср.: Потому что, если бы вы позвонили заранее, я бы вас подождал. Потому что если бы вы позвонили заранее, то я бы вас подождал.
Запятая ставится по правилу обособления придаточных предложений.