По первому предложению: конечно, тире можно не ставить, ссылаясь именно на этот пункт правил. Но если вчитаться в него, то мы заметим, что в нем говорится о вводном слове, но не о вводной конструкции, которая здесь довольно сильно распространена. Тире предпочтительно оставить именно по этой причине: оно ясно сигнализирует о том, что оговорка завершена и сейчас последует сказуемое. В противном же случае различие можно воспринять как однородный член к рознь. Конечно, дочитав предложение до конца, читатель поймет, что это не так, но создавать ему такие дополнительные затруднения ни к чему.

По второму предложению: полагаем, что здесь сочетание запятой и тире является эквивалентом двоеточия. См. ПАС, § 130, прим. 1. Перед нами бессоюзное сложное предложение (каждая часть его представляет собой, в свою очередь, СПП), так что положение этого примечания здесь вполне применимо.

По третьему предложение: это тоже бессоюзное сложное предложение, тире ставится по п. 5 того же параграфа ПАСа.

Вы спрашиваете о синтаксическом разборе, поэтому аргументы из области того, что говорящий имеет в виду, недействительны. Говорящий своим ответом в самом деле сообщает о том, где кот, но делает это косвенным образом, полагая, что слушающий поймет: раз кот ест — значит, он на кухне у своей миски. Но это вывод слушающего из того, что сказано, и подменять собой члены предложения подобный вывод не может. Безусловно, ест — сказуемое.

Кстати, подобная экономия речевых усилий может быть и небезобидна. Если участники диалога находятся в некооперативных отношениях, то ответная реплика «Ест» может ввести собеседника в заблуждение: тот может подумать, что кот мирно ест из своей миски свой сухой корм, а на самом деле кот может доедать котлету, которую он утащил со сковородки собеседника (я с подобными разбойниками знаком, и о таких котах великолепно писал Паустовский). Последствия недоговоренности в таком случае могут быть весьма неприятны.

Полагаем, что можно.

Предложение нужно перестроить: Смерть Фёдора, сына брата Александра Невского Ярослава.

Запятую нужно поставить после вводного слова думаю.

Кавычки не требуются, если перед этим использовалось полное сочетание развесистая клюква или если Вы уверены, что аудитория текста поймет переносное значение.

Если такой уверенности нет и читатель может не уловить, что слово использовано в переносном значении, нужно поставить кавычки.

Правило таково: пишутся через дефис сочетания с частицами -де, -ка, -те, -то, -с, примыкающими к предшествующим словами: ничего-де не понимает, ответь-ка на вопрос, я-то тебя понял.

Если существительные и прилагательные в сочетании с не обозначают непринадлежность к какому-либо разряду лиц или явлений, то они пишутся слитно. Ср.: Неврач не разберется в этом; Неспециалистам доклад понравился; Неегиптолог его не поймёт.

Можно использовать кавычки, если есть опасения, что читатель поймет текст неправильно.

Вы привели в качестве примеров сложные предложения. Если речь идет о таких случаях, то пунктуация зависит не от повтора слов, а исключительно от строя предложений, отношений между их частями, а также от интонации.