Нет, в современном русском языке эти слова уже не являются однокоренными (хотя исторически воплотить, конечно, восходит к плоть).
Класть – глагол несовершенного вида (что делать?), положить – глагол совершенного вида (что сделать?). Надо иметь в виду, что первый глагол в этой паре – класть – употребляется только без приставки, а второй – с корнем -лож- – только с приставками (положить, возложить, обложить и т. п.). Слов покласть и ложить в русском литературном языке нет.
Верны оба варианта. См. ответ № 201811.
Запятая не ставится, поскольку союз и соединяет однородные придаточные предложения.
Правило простое. Правильно: класть, кладу и положить, положу.