Правильно: Благодаря системе глубокой очистки... Постановка запятой факультативна.

По общему правилу присоединительные конструкции обособляются: степень очистки сточных, в том числе дренажных, вод до нормативного уровня... Но вторая запятая может и отсутствовать, если присоединительная конструкция тесно связана по смыслу с последующей частью и при произношении не отделяется паузой. Окончательное решение принимает автор текста.

Указанная Вами запятая нужна: Направляем Вам письмо, поступившее из администрации Кавалеровского муниципального района Приморского края, о сложившейся ситуации по вопросу очистки кювета, предназначенного для отвода воды от строений и огородов по улице Лесной села Устиновка Кавалеровского муниципального района Приморского края.

Слово опилки образовано префиксально-суффиксальным способом от глагола пилить, ср.: пили-ть → о-пил-к-и (с усечением производящей глагольной основы); пить → опивки (с наращением корня за счет согласной в) и т. п. Производные существительные, образованные по этой модели, имеют значение ‘нечто, остающееся после совершения действия, названного производящим глаголом’.

Обратите внимание на то, что префиксально-суффиксальным способом образованы только те существительные с приставкой о-, которые не имеют производящих глаголов с этой приставкой. Другие отглагольные существительные с этой приставкой образованы суффиксальным способом, например: очистить → очистки.

К сожалению, фиксации этого слова в словарях русского языка пока что нет. Есть только слово коалесценция. В Сети более распространен вариант коалесцер.

Запятая нужна.