По правилам пишутся раздельно сочетания двух нарицательных существительных, первое из которых обозначает родовое понятие, а второе — видовое. В справочниках по правописанию, в которых описывается данное правило, приводятся не только примеры соотношений «род — вид» (птица иволга, гриб подосиновик), но и примеры слов, выражающих более дробное членение на виды и подвиды: антилопа сайгак, попугай какаду, обезьяна макака. При этом отмечается дефисное написание для многих слов, в которых «вторая часть не служит самостоятельным видовым обозначением». На практике же написание слов этого типа сильно колеблется, всё больше устанавливается дефисное написание при описании подвидов, даже если вторые части могут употребляться самостоятельно в том же значении.

Внутри вопросительно-восклицательных предложений подобного рода слово знаешь (знаете), стоящее перед вопросительным словом, выступает в роли усилительной частицы и не обособляется: Самой вот знаешь как интересно? У меня знаете какие неприятности! См. справочник «Трудности русской пунктуации. Словарь вводных слов, сочетаний и предложений» О. А. Остроумовой и О. Д. Фрамполь (М., 2009).

В таком контексте союз и имеет присоединительное значение (= «притом»). Присоединительные конструкции обособляются: Всё это, и не только [это], вы найдете у нас.

1–2. В подобных случаях нет необходимости ставить какие-либо дополнительные знаки препинания, но возможна постановка интонационного тире:
— Не хотел тебе говорить, но подозреваю, что она...
— Что — она?

3. Возможен вариант как с запятой, так и без. Подробнее см. ответ на вопрос № 318421.

4. Ария может быть частью не только оперы, но и некоторых других жанров (оперетты, оратории), а также самостоятельным произведением.

5. В словарях приводятся написания Чш! и Чш-ш!.

Перед одиночным союзом и, соединяющим однородные придаточные части (в данном случае они зависят от глагола подсказать), запятая не ставится: Что влияет на сроки создания и реализации проекта, что в них входит, а что нет и, главное, как минимизировать не только финансовые, но и временные затраты заказчика, может и должен подсказать архитектор.

Запятая не требуется.

В слове душевный выделяется суффикс -евн-, он бывает не только у отчеств, но и у некоторых прилагательных: душевный, плачевный, дневной.

При отсутствии соотносительного слова в главной части пунктуация действительно вариативна и зависит от интонации, с которой была сказана (или с которой читается) фраза, причем это касается не только придаточных со значением сравнения, но и придаточных отождествительных; сравним примеры, приведенные в пункте 6 раздела 21 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: Спросите кто стоит впереди (имеется в виду: «спросите у того, кто стоит впереди»); Найдите мне кто вяжет; Пускай кто остаётся работает. Такие предложения носят сугубо разговорный характер.

Во всех специальных словарях, которые нам известны, слово армирование определяется как существительное с процессуальным значением.

Корректно: Нам нужно понять не только зачем мы это делаем, но и каким образом.