Если речь идет о персонаже романа М. Ю. Лермонтова «Герой нашего времени», правильно: Мери. Однако по нормам современного письма во многих собственных именах иноязычного происхождения (в том числе в имени Мэри) после согласных для передачи гласного э и одновременно для указания на твердость предшествующего согласного пишется буква э. Словари фиксируют написания Мэри Пикфорд, Мэри Шелли и др.

В доступных нам справочных изданиях не содержится прямого запрета на подобные сокращения. Такая рекомендация может быть обусловлена тем, что при записи М. Х. Кларк читателю будет непонятно, мужчина это или женщина, в то время как имя Мэри позволяет судить об этом более определенно. Но если нет возможности написать имя полностью, употребление сокращения, на наш взгляд, допустимо.

Корректно: А этот гусь сидел себе в углу и тянул свою "Кровавую Мэри".

Предложение построено некорректно. Вариант: Думала, что книга скучная и Корморан Страйк — это своего рода (нечто вроде) Мэри Сью, поскольку ему тоже всё преподносится на блюдечке.

Корректно: туфли "Мэри-Джейн". 

Предпочтительна форма мужского рода.