Употребление кавычек не означает проявления неуважительного отношения к кому-либо или чему-либо. Кавычки в тексте ответа выполняют функцию маркера чужого слова (ср. выделение кавычками прямой речи, цитат), т. е. отсылают к формулировке вопроса автором («есть ли в русском языке понятия...»).
«Большой орфоэпический словарь русского языка» М. Л. Каленчук, Л. Л. Касаткина, Р. Ф. Касаткиной в значении 'приспособление для маркировки' допускает употребление вариантов ма́ркер и маркёр. Но по данным других словарей предпочтение следует отдать первому варианту.
О фломастере правильно: маркер.