Вы правы в том, что кавычки употреблены неудачно. Если их и ставить, то закрыть нужно после фамилии. Однако при употреблении названия не в юридических документах в форме школа № 2129 имени Героя Советского Союза П.И. Романова кавычки не нужны вообще. 

Ответ департамента образования тоже верен: нормы употребления кавычек не устанавливаются законодательно. Как записали название в уставе, так и будет оно воспроизводиться во всех документах. Чтобы изменить название, нужно произвести сложные юридические действия, на это нужна добрая воля руководителя организации и его руководства. Изменение даже только кавычек в названии влечет за собой множество юридических проблем, поэтому обычно названия сохраняют в том виде, в котором они уже закреплены.

Вы правы: один из критериев при употреблении кавычек – «обычность/необычность», или, другими словами, «привычность/непривычность». Словосочетание эмоциональный всплеск уже прижилось в речи, поэтому кавычки для него не нужны. Подробнее об этом см. в «Письмовнике».

В справочниках это правило приводится. Мы слово в слово процитировали справочник Д. Э. Розенталя «Пунктуация» (раздел «Прямая речь перед авторскими словами»). Другое дело, что такой случай пунктуационного оформления встречается нечасто, поэтому многие справочники об этом правиле даже не вспоминают.

Если говорить о пунктуации, возможны два варианта: Никаких кулаков в том понимании, какое описывалось в литературе, у нас не было и Никаких кулаков, в том понимании, какое описывалось в литературе, у нас не было. Второй вариант следует выбрать, если слова в том понимании, какое описывалось в литературе имеют характер попутного замечания, дополнительных сведений.

Но плохо: «понимание... описывалось в литературе». Попробуйте перестроить фразу.

Да, прописная буква и кавычки при таком употреблении сохраняются.

Запятую ставить не нужно.