Правилен первый вариант. Форма род. падежа мн. числа слова змей – змеев, а слова змея – змей. Ср.: Мы запускали воздушных змеев, но В низине много змей.
Змей – одушевленное существительное во всех значениях (в т. ч. об игрушке).
В предложении ошибка. Правильно: запускай бумажного змея. Змей – одушевленное существительное (в т. ч. об игрушке). См.: Зализняк А. А. Грамматический словарь русского языка. – 5-е изд., испр. – М., 2008.
Ваше написание корректно, если в тексте второе слово этого сочетания является именем собственным (индивидуальным именем змея). Если же оно имеет значение символа, отвлеченной идеи, выраженной изображением змея, глотающего собственный хвост, то корректно написание со строчной буквы: змей уроборос.