Дистантное расположение обособленного определения в приведенных Вами примерах вполне корректно и играет роль синтаксического средства выразительности. Приведите, пожалуйста, конкретные примеры из заданий ЕГЭ, которые кажутся Вам неверными.

К сожалению, школьный учебник, ставя перед собой задачу изложить правило кратко и однозначно, терпит неудачу, потому что в настоящем (а не школьном) русском языке однозначность здесь невозможна.

На самом деле логика в правиле есть, и она очень простая. В научных трудах по современной русской орфографии сейчас говорится так: не с качественными прилагательными и производными наречиями в позиции сказуемого пишется слитно или раздельно в зависимости от намерений автора выразить утверждение (слитное написание) или отрицание признака (раздельное написание).

Правильным будет написание девочка не красивая, девочка не красива, если можно подставить слова, подчеркивающие отрицание: девочка (отнюдь) не красивая, девочка (отнюдь) не красива. Например, если автор возражает кому-то, кто утверждает, что девочка красивая, он тем самым делает акцент на отрицании и пишет раздельно.

Правильным будет написание девочка некрасивая, девочка некрасива, если можно подставить слова, подчеркивающие утверждение: девочка (очень) некрасивая, девочка (весьма) некрасива. Если автор хочет подчеркнуть эту особенность внешности девочки, он напишет слитно.

Таким образом, окончательное решение о слитном и раздельном написании на самом деле принимает пишущий, который должен отдавать себе отчет в том, что́ он хочет выразить: отрицание признака — и тогда написать не отдельно от следующего слова или утверждение признака — и тогда написать не слитно. Это решение может быть принято только в условиях контекста.

В первом примере при однородных членах (повторяющемся слове шум) есть зависимые слова, что требует запятой при союзе и..., и...; формальный фактор дополняется семантическим: подчеркивается отдельность явлений. Во втором примере отсутствие запятой подчеркивает тесное смысловое единство: и днем и ночью = «всегда»; здесь правило допускает и вариант с запятой, если требуется подчеркнуть сопоставление: и днем, и ночью (= «как днем, так и ночью»).

Это объясняется целым рядом древнейших фонетических процессов, произошедших еще в дописьменную эпоху — в праславянском языке. В качестве примера приведем образование протетического (вставного) йота перед начальным *a в большинстве диалектов позднепраславянского языка. Развитие протетического йота привело к появлению др.-рус. слов язъ (> я) на месте исконного праславянского *azъ, яблъко (*ablъko), явити (*aviti), ягнѧ ‘ягненок’ (*agnę), ягода (*аgоdа), яице (*аjьce), ярьмо (*аrьmо), ясень (*аsеnь), ящеръ (*аščеrъ).

Ни в одном другом толковом словаре такое значение прилагательного ненавистный не зафиксировано, даже со стилистическими пометами. Более того, в ряде пособий пара ненавистный и ненавистнический приводится в качестве примера паронимов, то есть слов, близких по звучанию, по лексико-грамматической принадлежности, а также по единству корневой морфемы, но разных по значению: ненавистнический — проникнутый ненавистью (ненавистнические действия); ненавистный — вызывающий ненависть (ненавистный враг).

По мнению С. А. Кузнецова, автора БТС, к этому словарю не следует предъявлять требования, соответствующие словарям предписывающего типа, поскольку БТС является словарем констатирующего типа.  

Слово чересплечный встречается в толковом словаре С. И. Ожегова в качестве примера употребления приставки черес-. Слово, безусловно, может употребляться в литературе, в том числе и в специальной.

Во всех академических толковых словарях русского языка в качестве иллюстраций приводятся сочетания слова прейскурант со словом цена, если последнее имеет при себе определение.

Если перед закрывающими кавычками стоит вопросительный или восклицательный знак, то после кавычек он не повторяется, например: Слышали ли вы вопрос «А предложение „Поэтому — две тысячи рублей“ — это эллиптическое предложение?»

Не плеоназм. Образцы бывают разными и отнюдь не эталонными.

В словарных статьях глагола выиграть приводится в качестве примера сочетание выиграть соревнования. Поскольку Лига чемпионов — это название турнира, то есть соревнований, сочетание выиграть Лигу чемпионов нормально для русского языка.