1. Употребление слова пара в роли счетного слова нормативно, только когда речь идет о парных предметах (пара ботинок, пара перчаток, пара весел и т. п.). Употребление слова пара в значении 'несколько' (пару лет работать над проектом, отсюда до станции пара километров, выполнить пару заданий, выйти на пару минут, пара пустяков) или 'две штуки чего-либо непарного' (пара яблок, пара мешков) характеризуется словарями русского языка как просторечное. См. статью «Как правильно употреблять числительные?», опубликованную на нашем портале в разделе «Письмовник».
2. Ограничений (в том числе стилистических) на использование слова дюжина в приведенных Вами контекстах нет.
Возможны варианты: размер льгот будет определяться объемом операций; размер льгот будет определяться в зависимости от объема операций.
В зависимости от контекста возможны два варианта: 1) А они влияли, до того как их открыли? (в первой части логическое ударение на влияли); 2) А они влияли до того, как их открыли? (в первой части логическое ударение на до того).
В таких случаях постановка знаков препинания вариативна: «Рядом стоящие имена собственные и нарицательные могут выполнять разные функции в зависимости от выражаемого значения. Например, в предложении Вошла его сестра Маша приложением является сестра; будучи логически выделенным, слово сестра может стать определяемым и тогда собственное имя Маша приобретает функцию уточняющего приложения и обособляется: Вошла его сестра, Маша» (параграф 63 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Логическое выделение имени нарицательного, в свою очередь, может быть уместным или неуместным в контексте: если имя собственное важно для общего смысла текста, его не следует обособлять.
Через дефис может писаться не только одно слово, но и сочетание слов. Это могут быть сочетания с приложениями (город-герой, студент-первокурсник, программа-открывашка), сочетания-повторы (умница-разумница), сложные термины (альфа-частица) и др. Бывают очень разные случаи, единого правила для всех не существует. Подробнее можно посмотреть в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Правда, вопрос о применении в таких сочетаниях кавычек там не рассматривается. Скорее всего, Вы правы, и в первых приведенных Вами примерах (мальчик-«умница», программа-«открывашка») лучше закавычить всё словосочетание. Что касается третьего (экс-«Интеграл»), то надо разбираться, что имеется в виду, и решать вопрос о кавычках в зависимости от смысла (к чему относится приставка экс, что такое Интеграл и т. д.).
Составные порядковые числительные не являются синтаксическими конструкциями. Это единые именования, синтаксических связей внутри них нет.
В разговорных речениях типа тети-Катин разумнее всего видеть также единые наименования. В параграфе 129 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2008), регламентирующем дефисные написания прилагательных, читаем:
«3. [Пишутся через дефис] Прилагательные, образованные от сочетаний имени и фамилии, имени и прозвища, напр.: вальтер-скоттовский (Вальтер Скотт), жюль-верновский, ромен-роллановский, робин-гудовский, чайльд-гарольдовский, козьма-прутковский, чарли-чаплинский, а также прилагательные типа дяди-Стёпин, тёти-Валин...»
Соответственно, о синтаксических связях внутри таких прилагательных говорить также не приходится.
Что же касается именительного падежа и его конкуренции с творительным в тех случаях, когда существительное является именным компонентом сказуемого, ни о каком управлении или примыкании и, шире, ни о какой подчинительной связи говорить не приходится. Маркирование именного компонента сказуемого возможно как именительным, так и творительным падежом. При этом в зависимости от типа связки и даже от конкретной связки предпочтителен или именительный, или творительный падеж. В конструкциях именования предпочтителен как раз именительный падеж.
В этом случае оба топонима не склоняются: по рекам Волга и Енисей; между озёрами Белое и Байкал; в городах Москва и Химки.
В зависимости от контекста возможны варианты: Мы любим потому, что красивая (в первой части логическое ударение падает на потому); Мы любим, потому что красивая (в первой части логическое ударение падает на любим).
Слово (не)реализуемый в зависимости от контекста может быть как прилагательным (Этот проект реализуемый, а тот нереализуемый), так и причастием (Этот проект, не реализуемый в настоящее время какой-либо организацией, был отложен).
В зависимости от контекста (который здесь не приведен) возможны варианты. Если союз как имеет значение «в качестве», запятая не нужна; если он имеет сравнительное значение — нужна.