Корректно: из озера Байкал.
Вытащить - разговорный вариант, вынуть - общеупотребительный.
Запятая перед забыли не нужна.
Запятая нужна, придаточную часть чтобы вытащить нужно выделить с двух сторон, о чем свидетельствует возможность перестановки этой части, сравним: Его нож торчит в шее одного из них так глубоко, что пришлось бы упереться ногой, чтобы вытащить.
Правильно: двух черепах-подружек.
Во всех перечисленных случаях кавычки не требуются.