Дело в том, что слова что, если, когда и т. д. могут быть и вопросительными, и относительными местоимениями, и союзами, могут входить в состав других частей речи. Знак вопроса ставится в конце предложений, содержащих вопрос. О разрядах местоимений см. в пособии Е. И. Литневской.
Сравнительный оборот может входить в состав сказуемого, а потому не обособляться. Здесь именно такой случай.
Слова по оценке (кого-либо) могут входить в состав вводного сочетания.
Вводным - не может. Но может входить в состав присоединительной конструкции, которая обособляется.
Союзы (любые) никогда не выделяются запятыми: ни в начале, ни в середине, ни в конце предложения. Запятая может разделять части сложного предложения или члены предложения, связанные союзом. Кроме этого, союз как будто может входить в состав сказуемого.
В Вашем примере слова как обычно могут входить в состав сказуемого и не обособляться: Сначала будет за продукт, а потом как обычно — процентная, исходя из стоимости заказа. Но должны сказать, что предложение построено небезупречно, рекомендуем сформулировать яснее.
Слова растереть и истоптать не синонимы, однако однокоренные с ними глаголы могут входить в состав синонимичных образных выражений. Например, стереть в порошок и затоптать ногами в значении "жестоко, беспощадно расправиться с кем-либо".