В «Школьном этимологическом словаре» говорится, что слово маяк образовано от слова маять, которое означало «махать, колыхаться». Исходное значение слова маяк — «нечто, чем машут в качестве знака», «веха, указывающая путь».
Пунктуация верна.
Указанная запятая не нужна.
1. Оба варианта возможны.
2. Счет лет, которым пользуются...
См. «Словарь трудностей».