Правильно Ура, каникулы! и Ура! Каникулы!
В данном случае ура является субстантивированным междометием. В результате субстантивации междометие приобрело категорию рода и, действительно, употребляется как существительное среднего рода.
Какие-либо знаки препинания не нужны.