В приведенных Вами примерах название города может согласовываться с родовым словом, а может и оставаться в начальной форме.
Название Оха склоняется. Верно: в городе Охе.
В корне неправильно сочетание имеет место быть, встречающееся в Вашем вопросе. Правильно: имеет место. А фраза Договор между ООО «ЭЭ» и ОАО «ПП» подписан вполне корректна.
Правильно: на конкурсе (каком) проводимом.
Речь идет о трех разных организациях, поэтому рекомендуем писать: ООО "ЖКС № 1", "ЖКС № 2", "ЖКС № 3".