В Вашем предложении употреблена составная форма будущего времени. Она образуется с помощью глагола быть в личной форме и инфинитива. В инфинитиве пишется мягкий знак, поэтому правилен первый вариант.
Правильно: США боятся, США заявляют.
Вопрос "отчего" требует развернутого ответа, экскурса в историю русского ударения и произношения (есть и специальные монографии об этом, например труды М.В. Панова, Р.И. Аванесова и др.). Если коротко - нужно учить ударение в таких словах наизусть или сверяться со словарем.
Запятая поставлена верно.
Правильно: носиться как с писаной торбой. Полный вариант фразеологизма: носиться как дурак (дурень) с писаной торбой (предположительно, из украинского языка).
Лучше: любые изменения в настоящем соглашении и дополнения к нему...
