Верно: Она скромна, но совершенно необразованна.
Склонение было бы логичным при таком написании.
НКО – буквенная аббревиатура, поэтому ее род определяется по ведущему слову составного наименования. Подробнее см. в «Письмовнике».
Это краткое прилагательное, но пишется с одним н.
Краткие формы прилагательных на -нный пишутся с одним н, если эти прилагательные требуют зависимых слов и не имеют формы сравнительной степени. В трудных случаях различения подобных кратких форм следует обращаться к академическому «Русскому орфографическому словарю».
Вариант с тире предпочтительный. Вариант с запятой допустимый.
Правильно здесь: оправданно.
Молодой человек - обращение к юноше или мужчине, а также к постороннему человеку, прохожему. Обращаться так к женщине, девушке действительно нелепо.