Построение фразы ничуть не мешает слитному написанию :)
Напомним правило:
Обороты с производными предлогами и предложными сочетаниями обязательно обособляются, если они располагаются между подлежащим и сказуемым: разрыв их непосредственной связи и способствует выделению оборотов.
А теперь, собственно, к проблеме: считать ли слова "с помощью" и "при наличии" производными предлогами? В словарях эти сочетания обозначаются как выступающие "в значении предлога", но не как собственно прелоги. В чем различие? В том, что в русском языке возможны полноценные словосочетания помощь друзей и наличие друзей, в которых слова помощь и наличие - главные компоненты; настоящие производные предлоги таких сочетаний обычно не образуют. Сравните: благодаря, вопреки, ввиду, в целях, в связи с, во избежание, вследствие, по случаю, по причине, при наличии, согласно с, в отличие от, в противоположность, наподобие, при условии, в силу, за отсутствием, несмотря на, невзирая на, спустя, независимо от... (Согласны, в некоторых случаях образовать словосочетание получится, но это уже вопрос, скорее, к формулировке правила.)
Таким образом, на наш взгляд, в приведенных Вами двух последних примерах постановка запятой обязательной не является.
Словарь имён собственных
Разница стилистическая: прибрано - разговорный синоним слова убрано (об уборке).
Такое слово - авторское образование. Если Вы желаете его использовать, то следует заключить слово в кавычки.
Лучше: бывшие советские республики.
См. ответ 257376.
Мужская фамилия склоняется, женская - нет.
Знаки препинания расставлены верно.
В этом случае вставную конструкцию лучше заключить в скобки: генерал, советник (протеже прежнего советника), стражники, солдаты...